对最常见的狼疮形式，系统性红斑狼疮 (systemic lupus erythematosus, SLE)，提供经典的和新兴创建的模型，以供了解其病因和治疗。

小鼠（包括常用的自身免疫性 NOD/ShiLtJ 模型）胰腺机能障碍是 I 型糖尿病的元凶。

免疫反应异常是人炎症性肠病的病因，对用于研究结肠炎、克罗恩氏病等疾病的小鼠品系来说也是如此。